Sporcuların yetişmesinde ve yarışlara hazırlanmasında büyük emeği olan Kulüpler arasında ise büyük bir rekabetin yaşandığı şampiyonada, kulüplerin madalya dağılımı ise şöyle;
1. Bluefin Swimming Club: Toplam 93 madalya (39 altın, 34 gümüş, 20 bronz)
2. Fast Frogs: Toplam 45 madalya (24 altın, 11 gümüş, 10 bronz)
3. Yakın Doğu Üniversitesi: Toplam 34 madalya (23 altın, 4 gümüş, 7 bronz)
4. Tüfekçi Spor Kulübü: Toplam 22 madalya (18 altın, 4 gümüş)
5. Levent Spor Yüzme Kulübü: Toplam 49 madalya (14 altın, 19 gümüş, 16 bronz)
6. Karabetça Spor Kulübü: Toplam 20 madalya (11 altın, 3 gümüş, 6 bronz)
7. Galatasaray Spor Kulübü: Toplam 23 madalya (10 altın, 7 gümüş, 6 bronz)
8. Larnaka Gençler Birliği: Toplam 18 madalya (10 altın, 7 gümüş, 1 bronz)
9. Lesas: Toplam 31 madalya (8 altın, 10 gümüş, 13 bronz)
10. Ted Spor Derneği: Toplam 26 madalya (7 altın, 16 gümüş, 3 bronz)
11. Ferdi: Toplam 9 madalya (6 altın, 2 gümüş, 1 bronz)
12. Marlin S.C.: Toplam 13 madalya (3 altın, 3 gümüş, 7 bronz)
13. Uluslararası Kıbrıs Üniversitesi: Toplam 9 madalya (2 altın, 3 gümüş, 4 bronz)
14. Güçver Su Sporları Kulübü: Toplam 12 madalya (1 altın, 5 gümüş, 6 bronz)
15. Beyaz Su Sporları: Toplam 4 madalya (1 altın, 3 gümüş)